1/适用範圍:
适用于快速提取M13噬粒單鏈DNA。
2/試劑盒組成、儲存、穩定性:
試劑盒組成
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保存
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50次
(DE125-01)
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100次
(DE125-02)
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結合液MS
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室溫
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25 ml
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50 ml
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漂洗液WB
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室溫
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15 ml 25ml
第一次使用前按說明(míng)加指定量乙醇
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洗脫緩沖液EB
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室溫
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10 ml
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20 ml
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吸附柱DA
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室溫
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50個(gè)
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100個(gè)
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收集管CT(2ml)
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室溫
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50個(gè)
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100個(gè)
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本試劑盒在室溫儲存12個(gè)月不影(yǐng)響使用效果。
3/儲存事項:
① 結合液MS低(dī)溫時(shí)可(kě)能出現析出和(hé)沉澱,可(kě)以在37℃水(shuǐ)浴幾分鍾幫助重新溶解,恢複澄清透明(míng)後冷卻到室溫即可(kě)使用。
② 避免試劑長時(shí)間(jiān)暴露于空(kōng)氣中産生(shēng)揮發、氧化、pH值變化,各溶液使用後應及時(shí)蓋緊蓋子。
4/産品介紹:
M13和(hé)其它的絲狀噬菌體(tǐ)載體(tǐ),在文庫構建和(hé)為(wèi)序列測序提供單鏈DNA和(hé)引人(rén)突變方面十分有(yǒu)用。将适量M13絲狀噬菌體(tǐ)或者相關噬粒(M13來(lái)源)感染的液體(tǐ)培養物離心,上(shàng)清中的單鏈噬菌體(tǐ)DNA在高(gāo)離序鹽狀态下選擇性吸附于離心柱內(nèi)矽基質膜,再通(tōng)過一系列快速的漂洗-離心的步驟,将鹽、細胞代謝物,蛋白等雜質去除,最後低(dī)鹽的洗脫緩沖液将純淨噬菌體(tǐ)單鏈DNA從矽基質膜上(shàng)洗脫。
5/産品特點:
① 不需要使用有(yǒu)毒的苯酚等試劑,也不需要乙醇沉澱等步驟。
② 節省時(shí)間(jiān),簡捷,單個(gè)樣品操作(zuò)一般可(kě)在10分鍾內(nèi)完成。
③ 産量高(gāo),典型的産量800µl M13絲狀噬菌體(tǐ)上(shàng)清可(kě)以提取3µg噬菌體(tǐ)單鏈DNA。
④ 多(duō)次柱漂洗确保高(gāo)純度,OD260/OD280典型的比值達1.7~1.9。可(kě)以直接用來(lái)測序,一般典型可(kě)辨認讀長達650bp。
6/注意事項
① 所有(yǒu)的離心步驟均在室溫完成,使用轉速可(kě)以達到13,000rpm的傳統台式離心機。
② 開(kāi)始實驗前将需要的水(shuǐ)浴先預熱到50℃備用。
③ 結合液MS含有(yǒu)刺激性化合物,操作(zuò)時(shí)要戴乳膠手套,避免沾染皮膚,眼睛和(hé)衣服。若沾染皮膚、眼睛時(shí),要用大(dà)量清水(shuǐ)或者生(shēng)理(lǐ)鹽水(shuǐ)沖洗。
7/操作(zuò)步驟:(實驗前請(qǐng)先閱讀注意事項)
以800μl噬菌體(tǐ)感染細菌培養上(shàng)清提取舉例:
提示:第一次使用前請(qǐng)先在漂洗液WB中加入指定量無水(shuǐ)乙醇,充分混勻,加入後請(qǐng)及時(shí)在方框打鈎标記已加入乙醇,以免多(duō)次加入!
1、将M13絲狀噬菌體(tǐ)或者相關噬粒(M13來(lái)源)感染的液體(tǐ)培養物分裝在1.5毫升離心管,12,000rpm離心5分鍾沉澱菌體(tǐ)。
2、小(xiǎo)心取800μl上(shàng)清轉入新的1.5ml離心管,加入400μl結合液MS,充分混勻。
如果使用的上(shàng)清大(dà)于或者小(xiǎo)于800μl,則結合液MS的用量需要按照比例增加或者減少(shǎo)。
3、将上(shàng)述混合物加入一個(gè)吸附柱DA中,(吸附柱放入收集管CT中)13,000rpm離心15秒(miǎo),倒掉收集管CT中的廢液。
吸附柱一次最多(duō)隻可(kě)以容納大(dà)約700μl混合物,因此需要分次把混合物加到吸附柱內(nèi),重複步驟3。
4、加入600μl漂洗液WB(請(qǐng)先檢查是否已加入無水(shuǐ)乙醇!),12,000rpm 離心30秒(miǎo),棄廢液。
5、将吸附柱DA放回空(kōng)收集管CT中,13,000rpm離心2分鍾,盡量除去漂洗液, 以免漂洗液中殘留乙醇抑制(zhì)下遊反應。
6、取出吸附柱DA,放入一個(gè)幹淨的離心管中,在吸附膜的中間(jiān)部位加60μl洗脫緩沖液EB(洗脫緩沖液事先在 50℃水(shuǐ)浴中預熱), 室溫放置1分鍾,12,000rpm 離心1分鍾。如果想得(de)到較多(duō)量的DNA,可(kě)将得(de)到的溶液重新加入離心吸附柱中,10,000rpm離心1分鍾。
洗脫體(tǐ)積越大(dà),洗脫效率越高(gāo),如果需要DNA濃度較高(gāo),可(kě)以适當減少(shǎo)洗脫體(tǐ)積, 但(dàn)是最小(xiǎo)體(tǐ)積不應少(shǎo)于40μl,體(tǐ)積過小(xiǎo)降低(dī)DNA洗脫效率,減少(shǎo)DNA産量。
7、DNA可(kě)以存放在2-8℃,如果要長時(shí)間(jiān)存放,可(kě)以放置在-20℃。
8/附錄(M13噬菌體(tǐ)感染細菌培養上(shàng)清準備過程):
下面舉例說明(míng)M13噬菌體(tǐ)感染細菌培養上(shàng)清準備過程,詳細的M13噬菌體(tǐ)(或M13來(lái)源噬粒)培養和(hé)上(shàng)清準備過程請(qǐng)參見『分子克隆』第二版。
1、37℃ 振搖過夜培養合适的噬菌體(tǐ)宿主菌(如JM109)。
2、使用6%的過夜培養菌接種新鮮的LB培養液,37℃振搖培養一個(gè)小(xiǎo)時(shí)。
3、根據M13噬菌體(tǐ)的儲存液的濃度(滴度)按照0.5-1.5%(V/V)的比例加入噬菌體(tǐ)來(lái)感染宿主菌。37℃振搖培養5-6個(gè)小(xiǎo)時(shí)。
4、将上(shàng)面M13絲狀噬菌體(tǐ)或者相關噬粒(M13來(lái)源)感染的液體(tǐ)培養物分裝在1.5ml離心管,12,000rpm離心5分鍾沉澱菌體(tǐ)。
5、可(kě)選步驟: 小(xiǎo)心取1ml上(shàng)清轉入新的1.5ml離心管, 重複步驟4離心5分鍾。這步有(yǒu)助于去除上(shàng)清中殘留的微量宿主菌RNA或者DNA。
6、小(xiǎo)心取800μl上(shàng)清轉入新的1.5ml離心管。
7、現在可(kě)以按照操作(zuò)步驟提取噬菌體(tǐ)單鏈DNA。、
9/問題與解決方法:
問題
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評論與建議
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低(dī)核酸産量
或者純度不高(gāo)
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*試劑盒儲存在非最佳條件
-建議:收到試劑盒後總是存放在室溫(15℃-20℃)
*緩沖液或者試劑暴露于減少(shǎo)它們有(yǒu)效性的條件下
-建議:儲存在室溫(15℃-20℃),每次用完後立刻蓋緊蓋子,以免溶液蒸發,pH改變和(hé)污染。
*漂洗液WB中忘記加無水(shuǐ)乙醇
-建議:第一次實驗時(shí),在漂洗液WB中加入指定量無水(shuǐ)乙醇。
*試劑和(hé)樣品沒有(yǒu)充分混勻
-建議:加入每個(gè)試劑後都要充分混勻
*噬菌體(tǐ)上(shàng)清滴度太低(dī)
-建議:離心取噬菌體(tǐ)感染細菌培養物上(shàng)清時(shí)離心最好不要超過5分鍾,轉速不要超過12,000rpm,否則噬菌體(tǐ)上(shàng)清也可(kě)能離心下來(lái)。重新培養一次噬菌體(tǐ)感染細菌
*洗脫效率不高(gāo)
-建議:确保做(zuò)了步驟5,否則殘留乙醇會(huì)影(yǐng)響洗脫效率,仔細閱讀步驟6和(hé)隻使用洗脫緩沖液EB洗脫
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DNA下遊酶切
不能切開(kāi)或者
酶切不完全
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*忘記做(zuò)步驟5,乙醇抑制(zhì)了酶切反應
-建議:做(zuò)步驟5,然後空(kōng)氣中晾幾分鍾,讓殘留乙醇揮發。
*一些(xiē)矽基質膜成分一起洗脫下來(lái),抑制(zhì)了酶切反應
-建議:将洗脫的基因組DNA溶液13,000rpm再離心一分鍾,小(xiǎo)心取上(shàng)清使用
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純化的DNA
産物D260
數(shù)值異常偏高(gāo)
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*一些(xiē)矽基質膜成分一起洗脫下來(lái),幹擾了分光光度計(jì)讀數(shù)
-建議:将洗脫的回收DNA溶液13,000rpm再離心一分鍾,小(xiǎo)心取上(shàng)清使用。
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