1/适用範圍:
适用于快速λ噬菌體(tǐ)DNA。
2/試劑盒組成、儲存、穩定性:
試劑盒組成
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保存
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50次
(DE126-01)
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100次
(DE126-02)
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RNase A
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-20℃
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20 mg
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20 mg X 2
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DNase I
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-20℃
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50 mg
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50 mg X 2
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噬菌體(tǐ)沉澱液PB
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室溫
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100 ml
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100ml X 2
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裂解緩沖液LS
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室溫
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30 ml
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60 ml
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雜質沉澱液IP
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室溫
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5 ml
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10 ml
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結合液LB
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室溫
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20 ml
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40 ml
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漂洗液WB
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室溫
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15 ml
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25 ml
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第一次使用前按說明(míng)加指定量乙醇
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洗脫緩沖液EB
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室溫
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10 ml
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15 ml
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吸附柱DA
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室溫
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50個(gè)
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100個(gè)
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收集管CT(2ml)
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室溫
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50個(gè)
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100個(gè)
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本試劑盒在室溫儲存12個(gè)月不影(yǐng)響使用效果。
3/儲存事項:
① 在RNase A管和(hé)DNase I管分别加入1毫升的裂解緩沖液LS吹打,颠倒混勻,充分溶解RNase A和(hé)DNase I後, 按照每次使用量分裝-20℃凍存,有(yǒu)效期6個(gè)月。
② 結合液LB低(dī)溫時(shí)可(kě)能出現析出和(hé)沉澱,可(kě)以在37℃水(shuǐ)浴幾分鍾幫助重新溶解,恢複澄清透明(míng)後冷卻到室溫即可(kě)使用。
③ 避免試劑長時(shí)間(jiān)暴露于空(kōng)氣中産生(shēng)揮發、氧化、pH值變化,各溶液使用後應及時(shí)蓋緊蓋子。
4/産品介紹:
λ噬菌體(tǐ)載體(tǐ)廣泛用于文庫篩選,目的克隆培養獲得(de)大(dà)量的噬菌體(tǐ)顆粒需要提取λ噬菌體(tǐ)DNA來(lái)開(kāi)展測序等後續工作(zuò)。λ噬菌體(tǐ)裂解培養物離心後的上(shàng)清,首先用RNase A /DNase I混合酶消化去除殘留的宿主菌DNA/RNA,沉澱收集噬菌體(tǐ),噬菌體(tǐ)被SDS裂解,殘留碎片通(tōng)過沉澱離心去除掉。裂解物上(shàng)清中的λ噬菌體(tǐ)DNA在高(gāo)離序鹽狀态下選擇性吸附于離心柱內(nèi)矽基質膜,再通(tōng)過一系列快速的漂洗-離心的步驟,将鹽、細胞代謝物、蛋白等雜質去除,最後低(dī)鹽的洗脫緩沖液将λ噬菌體(tǐ)DNA從矽基質膜上(shàng)洗脫。
5/産品特點:
① 不需要使用有(yǒu)毒的苯酚等試劑,也不需要乙醇沉澱等步驟。
② 節省時(shí)間(jiān),簡捷,可(kě)用于液體(tǐ)培養裂解物和(hé)固體(tǐ)培養闆的提取,單個(gè)樣品操作(zuò)一般可(kě)在1.5小(xiǎo)時(shí)內(nèi)完成。
③ 産量高(gāo),典型的産量10ml λ噬菌體(tǐ)裂解培養物上(shàng)清可(kě)以提取約10µg λ噬菌體(tǐ)DNA。
④ 多(duō)次柱漂洗确保高(gāo)純度,OD260/OD280典型的比值達1.7~1.9。可(kě)以直接用來(lái)酶切和(hé)測序。
6/注意事項
① 使用轉速可(kě)以達到13,000rpm的冷凍離心機。
② 開(kāi)始實驗前将需要的水(shuǐ)浴先預熱到37℃備用。
③ 需要自備氯仿,20%SDS。
④ 結合液LB含有(yǒu)刺激性化合物,操作(zuò)時(shí)要戴乳膠手套,避免沾染皮膚,眼睛和(hé)衣服。若沾染皮膚、眼睛時(shí),要用大(dà)量清水(shuǐ)或者生(shēng)理(lǐ)鹽水(shuǐ)沖洗。
7/操作(zuò)步驟:(實驗前請(qǐng)先閱讀注意事項)
以10 ml噬菌體(tǐ)感染細菌培養上(shàng)清提取舉例:
提示:
● 第一次使用前請(qǐng)先在漂洗液WB中加入指定量無水(shuǐ)乙醇,充分混勻,加入後請(qǐng)及時(shí)在方框打鈎标記已加入乙醇,以免多(duō)次加入!
● 将噬菌體(tǐ)沉澱液PB放在冰上(shàng)預冷。
1、将0.5%氯仿處理(lǐ)後的λ噬菌體(tǐ)感染的液體(tǐ)培養物10,000g(約12,000rpm) 4℃離心10分鍾去除細胞碎片和(hé)殘渣。 轉速不能過高(gāo),時(shí)間(jiān)不能過長,否則噬菌體(tǐ)可(kě)能和(hé)碎片一起沉澱,降低(dī)産量。
2、取10ml上(shàng)清,加入20μl RNase和(hé)20μl DNase充分混勻37℃溫育30分鍾。每個(gè)噬菌體(tǐ)培養上(shàng)清因生(shēng)長和(hé)裂解情況不同而殘留RNA/DNA量不等。RNase/DNase消化過頭,可(kě)能減少(shǎo)産量;消化不完全,可(kě)能未消化的DNA/RNA和(hé)細胞碎片粘去部分噬菌體(tǐ)減低(dī)産量并/或者導緻最後污染宿主菌DNA,因此應該根據實際情況适當調節用量和(hé)消化時(shí)間(jiān)。
3、加入2 ml 冰預冷的噬菌體(tǐ)沉澱液PB,輕柔充分混勻後置冰上(shàng)冷卻(培養闆裂解物必須在冰上(shàng)放置30分鍾)。
4、10,000g(12,000rpm)4℃離心10分鍾,棄上(shàng)清,幹燥1分鍾。沉澱下來(lái)的噬菌體(tǐ)外觀為(wèi)透亮或者稍白的沉澱。
5、加入500μl裂解緩沖液LS,吹打重懸噬菌體(tǐ),加入100μl 20%SDS,立即輕柔颠倒混勻4-6次後,70℃溫育10分鍾,然後置冰上(shàng)冷卻。
6、加入100μl雜質沉澱液IP,立即輕柔颠倒混勻4-6次,最高(gāo)速13,000g 4℃離心10分鍾。
7、仔細将上(shàng)清轉入新的離心管,加入350μl結合液LB,輕柔渦旋混勻。
8、将上(shàng)述混合物加入一個(gè)吸附柱DA中,(吸附柱放入收集管CT中)12,000rpm離心30秒(miǎo),倒掉收集管CT中的廢液。吸附柱一次最多(duō)隻可(kě)以容納大(dà)約700μl混合物,因此需要分次把混合物移到吸附柱內(nèi),重複步驟8。
9、加入600μl漂洗液WB(請(qǐng)先檢查是否已加入無水(shuǐ)乙醇!),12,000rpm 離心30秒(miǎo),棄廢液。
10、可(kě)選步驟:重複步驟9一遍。
11、将吸附柱DA放回空(kōng)收集管CT中,13,000rpm離心2分鍾,盡量除去漂洗液, 以免漂洗液中殘留乙醇抑制(zhì)下遊反應。
12、取出吸附柱DA,放入一個(gè)幹淨的離心管中,在吸附膜的中間(jiān)部位加100μl洗脫緩沖液EB(洗脫緩沖液事先在 50℃水(shuǐ)浴中預熱), 室溫放置1分鍾,12,000rpm 離心1分鍾。如果想得(de)到較多(duō)量的DNA,可(kě)将得(de)到的溶液重新加入離心吸附柱中,12,000rpm離心1分鍾。
洗脫體(tǐ)積越大(dà),洗脫效率越高(gāo),如果需要DNA濃度較高(gāo),可(kě)以适當減少(shǎo)洗脫體(tǐ)積, 但(dàn)是最小(xiǎo)體(tǐ)積不應少(shǎo)于40μl,體(tǐ)積過小(xiǎo)降低(dī)DNA洗脫效率,減少(shǎo)DNA産量。
13、DNA可(kě)以存放在2-8℃,如果要長時(shí)間(jiān)存放,可(kě)以放置在-20℃。
8/問題與解決方法:
問題
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評論與建議
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低(dī)核酸産量
或者純度不高(gāo)
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* 試劑盒儲存在非最佳條件
-建議:收到試劑盒後總是存放在室溫(15℃-20℃)。
* 緩沖液或者試劑暴露于減少(shǎo)它們有(yǒu)效性的條件下
-建議:儲存在室溫(15℃-20℃),每次用完後立刻蓋緊蓋子,以免溶液蒸發,pH改變和(hé)污染。
* 漂洗液WB中忘記加無水(shuǐ)乙醇
-建議:第一次實驗時(shí),在漂洗液WB中加入指定量無水(shuǐ)乙醇。
* 試劑和(hé)樣品沒有(yǒu)充分混勻
-建議:加入每個(gè)試劑後都要充分混勻。
* 噬菌體(tǐ)上(shàng)清滴度太低(dī)
-建議:1.确認λ噬菌體(tǐ)已經完全裂解了宿主菌(加入0.5%的氯仿可(kě)以幫助完全裂解);2.離心去除宿主菌碎片殘渣時(shí)間(jiān)不能超過10分鍾,轉速不超過10,000g,否則否則噬菌體(tǐ)也可(kě)能和(hé)碎片一起沉澱丢失;3.重新培養一次噬菌體(tǐ)感染細菌。
* DNase I/RNase消化不足或者過頭
-建議:消化過頭,可(kě)能減少(shǎo)産量并導緻最後污染宿主菌DNA;消化不完全,可(kě)能未消化的DNA,RNA和(hé)細胞碎片粘去部分噬菌體(tǐ),因此可(kě)以适當調節用量。
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宿主菌基因組
DNA殘留過高(gāo)
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* DNase I/RNase失活或者反應條件不佳
-建議:DNase I/RNase必須溶解在裂解緩沖液LS中,必須分裝凍存。λ噬菌體(tǐ)必須用LM(含鎂離子)培養,在其它培養肉湯中,DNase消化活性可(kě)能受到影(yǐng)響。
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加入噬菌體(tǐ)
沉澱劑後未見到
λ噬菌體(tǐ)沉澱
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* 不适合的離心溫度和(hé)離心力。
-建議:10,000g(12,000rpm)4℃離心10分鍾。
* 上(shàng)清中含λ噬菌體(tǐ)太少(shǎo)
-建議:離心前,樣品置冰上(shàng)冷卻。參見前面滴度太低(dī)解決辦法
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DNA下遊酶切不能切開(kāi)或者酶切不完全
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*忘記做(zuò)步驟11,乙醇抑制(zhì)了酶切反應
-建議:做(zuò)步驟10,然後空(kōng)氣中晾幾分鍾,讓殘留乙醇揮發。
*一些(xiē)矽基質膜成分一起洗脫下來(lái),抑制(zhì)了酶切反應
-建議:将洗脫的基因組DNA溶液13,000rpm再離心一分鍾,小(xiǎo)心取上(shàng)清使用。
*使用了錯誤的培養基培養λ噬菌體(tǐ)
-建議:λ噬菌體(tǐ)必須用LM(含鎂離子)培養,在其它培養肉湯中,DNA酶切活性可(kě)能受到影(yǐng)響。培養闆培養必須用瓊脂糖Agarose闆,如果用瓊脂Agar闆,可(kě)能抑制(zhì)酶切。
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純化的DNA
産物D260
數(shù)值異常偏高(gāo)
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*一些(xiē)矽基質膜成分一起洗脫下來(lái),幹擾了分光光度計(jì)讀數(shù)
-建議:将洗脫的回收DNA溶液13,000rpm再離心一分鍾,小(xiǎo)心取上(shàng)清使用。
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