一、适用範圍:
适用于快速提取各種福爾馬林固定和(hé)石蠟包埋組織DNA。
二、試劑盒組成、儲存、穩定性:
試劑盒組成
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保存
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50次
(DE134-01)
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100次
(DE134-02)
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裂解液FTL
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室溫
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11 ml
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20 ml
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結合液CB
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室溫
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11 ml
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20 ml
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抑制(zhì)物去除液IR
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室溫
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25 ml
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50 ml
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漂洗液WB
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室溫
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15 ml
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25 ml
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第一次使用前按說明(míng)加指定量乙醇
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洗脫緩沖液EB
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室溫
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15 ml
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15 ml
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蛋白酶K粉
30mg/ml
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-20℃
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30mg
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60mg
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吸附柱DA
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室溫
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50個(gè)
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100個(gè)
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收集管CT(2ml)
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室溫
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50個(gè)
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100個(gè)
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本試劑盒在室溫儲存12個(gè)月不影(yǐng)響使用效果。
三、儲存事項:
結合液CB或者抑制(zhì)物去除液IR低(dī)溫時(shí)可(kě)能出現析出和(hé)沉澱,可(kě)以在37℃水(shuǐ)浴幾分鍾幫助重新溶解,恢複澄清透明(míng)後冷卻到室溫即可(kě)使用。
為(wèi)避免降低(dī)活性、方便運輸,提供蛋白酶K為(wèi)凍幹粉狀,收到後,可(kě)短(duǎn)暫離心後,10mg/20mg加入0.5ml/1ml滅菌水(shuǐ)溶解,因為(wèi)反複凍融可(kě)能會(huì)降低(dī)酶活性,因此溶解後立即按照每次使用量分裝凍存,-20℃保存。
避免試劑長時(shí)間(jiān)暴露于空(kōng)氣中産生(shēng)揮發、氧化、pH值變化,各溶液使用後應及時(shí)蓋緊蓋子。
四、産品介紹:
福爾馬林固定或者石蠟包埋組織通(tōng)過獨特裂解液熱處理(lǐ)和(hé)蛋白酶K共同作(zuò)用迅速裂解細胞釋放出基因組DNA,然後基因組DNA在高(gāo)離序鹽狀态下選擇性吸附于離心柱內(nèi)矽基質膜, 再通(tōng)過一系列快速的漂洗-離心的步驟, 抑制(zhì)物去除液和(hé)漂洗液将細胞代謝物、蛋白等雜質去除, 最後低(dī)鹽的洗脫緩沖液将純淨基因組DNA從矽基質膜上(shàng)洗脫。
五、産品特點:
① 離心吸附柱內(nèi)矽基質膜全部采用世界著名公司特制(zhì)吸附膜,柱與柱之間(jiān)吸附量差異極小(xiǎo),可(kě)重複性好。
② 不需要使用有(yǒu)毒的苯酚等試劑,也不需要乙醇沉澱等步驟。
③ 快速,簡捷,單個(gè)樣品操作(zuò)一般可(kě)在30分鍾內(nèi)完成。
④ 多(duō)次柱漂洗确保高(gāo)純度,OD260/OD280典型的比值達1.7~1.9,長度可(kě)達30kb -50kb,可(kě)直接用于PCR,Southern-blot和(hé)各種酶切反應。
六、注意事項:
① 所有(yǒu)的離心步驟均在室溫完成,使用轉速可(kě)以達到13,000rpm的傳統台式離心機。
② 需要自備乙醇(需要準備100%/80%/60%/40%不同濃度)或者二甲苯。
③ 實驗前将需要的水(shuǐ)浴先預熱到37℃備用。
④ 結合液CB和(hé)抑制(zhì)物去除液IR中含有(yǒu)刺激性化合物,操作(zuò)時(shí)要戴乳膠手套,避免沾染皮膚,眼睛和(hé)衣服。若沾染皮膚、眼睛時(shí),要用大(dà)量清水(shuǐ)或者生(shēng)理(lǐ)鹽水(shuǐ)沖洗。
⑤ 洗脫液EB不含有(yǒu)螯合劑EDTA,不影(yǐng)響下遊酶切、連接等反應。也可(kě)以使用水(shuǐ)洗脫,但(dàn)應該确保批pH大(dà)于7.5, pH過低(dī)影(yǐng)響洗脫效率。用水(shuǐ)洗脫DNA應該保存在-20℃。DNA如果需要長期保存,可(kě)以用TE緩沖液洗脫(10mM Tris-HCl, 1mM EDTA,pH 8.0),但(dàn)是EDTA可(kě)能影(yǐng)響下遊酶切反應,使用時(shí)可(kě)以适當稀釋。
七、操作(zuò)步驟:(實驗前請(qǐng)先閱讀注意事項)
提示:第一次使用前請(qǐng)先在漂洗液WB中加入指定量無水(shuǐ)乙醇,充分混勻,加入後請(qǐng)及時(shí)在方框打鈎标記已加入乙醇,以免多(duō)次加入!
1、将組織切片放入離心管子,浸泡在二甲苯中脫蠟約30分鍾(具體(tǐ)時(shí)間(jiān)根據切片厚度調整)。
2、将切片依次放入100%乙醇/80%乙醇/60%乙醇/40%乙醇/去離子水(shuǐ),每個(gè)液體(tǐ)中浸泡10秒(miǎo)鍾重新水(shuǐ)化切片。剛放入100%乙醇時(shí),應該見到切片變白。
3、顯微鏡觀察下,用刀片切下拟提取DNA的目标組織,放入預先稱重的1.5ml離心管。再次稱重,計(jì)算(suàn)出切片組織重量。
4、在25-50mg組織中加入200μl裂解液FTL,再加入20μl的蛋白酶K溶液(20mg/ml),立即混勻混勻後置37℃水(shuǐ)浴過夜。
5、再加入10μl的蛋白酶K溶液(20mg/ml),混勻後55℃水(shuǐ)浴1-2小(xiǎo)時(shí)。此步驟後,不應該出現粗大(dà)的組織顆粒。
6、加入200μl 結合液CB,立刻渦旋振蕩20秒(miǎo)充分混勻後置70℃水(shuǐ)浴10分鍾。
7、冷卻後加入100μl 異丙醇,立刻渦旋振蕩30秒(miǎo)充分混勻,此時(shí)可(kě)能會(huì)出現絮狀沉澱。
8、用1毫升的槍頭吸取混合物,将混合物加入一個(gè)吸附柱DA中,(吸附柱放入收集管CT中)13,000rpm離心60秒(miǎo),倒掉收集管CT中的廢液。如果有(yǒu)不溶組織物可(kě)能堵住槍頭,可(kě)将槍頭在吸水(shuǐ)紙上(shàng)輕蹭去除不溶物;如果吸上(shàng)來(lái)的混合物少(shǎo)則可(kě)以将槍頭和(hé)不溶物一起棄去,該做(zuò)法是為(wèi)了去除不溶物,以免堵塞離心柱。
9、加入500μl抑制(zhì)物去除液IR,12,000rpm 離心30秒(miǎo),棄廢液。
10、加入600μl漂洗液WB(請(qǐng)先檢查是否已加入無水(shuǐ)乙醇!),12,000rpm 離心30秒(miǎo),棄掉廢液。
11、加入600μl漂洗液WB,12,000rpm 離心30秒(miǎo),棄掉廢液。
12、将吸附柱DA放回空(kōng)收集管CT中,13,000rpm離心2分鍾,盡量除去漂洗液, 以免漂洗液中殘留乙醇抑制(zhì)下遊反應。
13、取出吸附柱DA,放入一個(gè)幹淨的離心管中,在吸附膜的中間(jiān)部位加100μl洗脫緩沖液EB (洗脫緩沖液事先在65-70℃水(shuǐ)浴中預熱效果更好), 室溫放置3-5分鍾,12,000rpm 離心1分鍾。将得(de)到的溶液重新加入離心吸附柱中,室溫放置2分鍾,12,000rpm離心1分鍾。
洗脫體(tǐ)積越大(dà),洗脫效率越高(gāo),如果需要DNA濃度較高(gāo),可(kě)以适當減少(shǎo)洗脫體(tǐ)積, 但(dàn)是最小(xiǎo)體(tǐ)積不應少(shǎo)于50μl,體(tǐ)積過小(xiǎo)降低(dī)DNA洗脫效率,減少(shǎo)DNA産量。
14、DNA可(kě)以存放在2-8℃,如果要長時(shí)間(jiān)存放,可(kě)以放置在-20℃。
八、附錄:另外一種脫蠟方式
1、将目标組織切片放入離心管,加入1ml 100%二甲苯,渦旋振蕩10秒(miǎo)。瞬間(jiān)離心把組織全部浸入到二甲苯。
2、50℃水(shuǐ)浴3分鍾熔解石蠟,20-25℃最高(gāo)速離心2分鍾,收集組織到管底。
3、小(xiǎo)心用移液器(qì)吸棄上(shàng)清二甲苯,注意不要吸到沉澱。
4、加入1ml無水(shuǐ)乙醇,渦旋振蕩,最高(gāo)速離心2分鍾,小(xiǎo)心吸棄上(shàng)清乙醇。
5、加入1ml無水(shuǐ)乙醇,重複步驟4,盡可(kě)能吸棄所有(yǒu)乙醇。
6、室溫或者37℃ 晾幹乙醇10分鍾或直到所有(yǒu)乙醇揮發幹。
九、問題與解決方法:
問題
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評論與建議
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DNA産量低(dī)
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*組織塊太大(dà),蛋白酶K消化不完全
-建議:液氮研磨或者盡量将組織切成小(xiǎo)塊,或者延長蛋白酶K消化時(shí)間(jiān)至過夜或者在原有(yǒu)消化基礎上(shàng)另加20μl蛋白酶K消化1-2小(xiǎo)時(shí)。
*蛋白酶K失效了
-建議:收到蛋白酶K後,按照每次使用量分裝凍存,避免反複凍融。
*裂解不完全或者和(hé)異丙醇沒有(yǒu)充分混勻
-建議:加入結合液後,和(hé)加入蛋白酶K後立即吹打或者渦旋混勻;加入異丙醇後立即吹打或者渦旋混勻才加入吸附柱,如果太粘稠必須渦旋振蕩15秒(miǎo)充分混勻。
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組織DNA
降解了
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*組織中核酸酶活性導緻降解
-建議:樣品處理(lǐ)前妥善保存在-20℃,處理(lǐ)量不要過量。
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未提取到DNA
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*漂洗液WB中忘記加無水(shuǐ)乙醇
-建議:第一次實驗時(shí),在漂洗液WB中加入指定量無水(shuǐ)乙醇。
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洗脫下來(lái)的
DNA産量低(dī)
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*離心柱殘留有(yǒu)較多(duō)乙醇或者底部不慎沾有(yǒu)乙醇
-建議:确保做(zuò)了步驟12,否則殘留乙醇會(huì)影(yǐng)響洗脫效率。
*使用了水(shuǐ)或者其它非最佳液體(tǐ)代替洗脫緩沖液
-建議:仔細閱讀仔細閱讀注意事項5和(hé)步驟13和(hé)隻使用洗脫緩沖液EB洗脫。
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A260吸光值
異常偏高(gāo)
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*一些(xiē)矽基質膜成分一起洗脫下來(lái),幹擾了吸光值
-建議:将洗脫的基因組DNA溶液13,000rpm再離心一分鍾,小(xiǎo)心取上(shàng)清使用。
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DNA下遊酶切
不能切開(kāi)或者
酶切不完全
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*一些(xiē)矽基質膜成分一起洗脫下來(lái),抑制(zhì)了酶切反應
-建議:将洗脫的基因組DNA溶液13,000rpm再離心一分鍾,小(xiǎo)心取上(shàng)清使用。
*離心柱殘留有(yǒu)較多(duō)乙醇或者底部不慎沾有(yǒu)乙醇抑制(zhì)了酶切反應
-建議:确保做(zuò)了步驟7,然後空(kōng)氣中晾幾分鍾,讓殘留乙醇揮發。
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