1/适用範圍:
适用于快速提取各種糞便DNA。
2/試劑盒組成、儲存、穩定性:
試劑盒組成
|
保存
|
50次(DE129-01)
|
緩沖液ASL
|
室溫
|
70 ml
|
雜質清除劑AB
|
室溫
|
5 ml
|
結合液CB
|
室溫
|
11 ml
|
抑制(zhì)物去除液IR
|
室溫
|
25 ml
|
漂洗液WB
|
室溫
|
15 ml
第一次使用前按說明(míng)加指定量乙醇
|
洗脫緩沖液EB
|
室溫
|
15 ml
|
蛋白酶K粉
20mg/ml
|
-20℃
|
20mg
|
吸附柱DA
|
室溫
|
50個(gè)
|
收集管CT(2ml)
|
室溫
|
50個(gè)
|
本試劑盒在室溫儲存12個(gè)月不影(yǐng)響使用效果。
雜質清除劑AB升級,可(kě)以室溫存放,使用更方便。
3/儲存事項:
① 緩沖液ASL或者結合液CB低(dī)溫時(shí)可(kě)能出現析出和(hé)沉澱,可(kě)以在70℃水(shuǐ)浴幾分鍾幫助重新充分溶解,恢複澄清透明(míng)後冷卻到室溫即可(kě)使用。
② 為(wèi)避免降低(dī)活性,方便運輸,提供蛋白酶K為(wèi)凍幹粉狀,收到後,可(kě)短(duǎn)暫離心後,加入1ml滅菌水(shuǐ)溶解,因為(wèi)反複凍融可(kě)能會(huì)降低(dī)酶活性,因此溶解後立即按照每次使用量(20μl)分裝凍存,-20℃保存。
③ 避免試劑長時(shí)間(jiān)暴露于空(kōng)氣中産生(shēng)揮發、氧化、pH值變化,各溶液使用後應及時(shí)蓋緊蓋子。
4/産品介紹:
常規的DNA純化方式并不能有(yǒu)效地去除糞便中存在的大(dà)量抑制(zhì)因子而導緻下遊實驗的失敗,如PCR不能擴增出所需片段。該試劑盒采用DNA吸附柱和(hé)新型獨特的溶液系統,能有(yǒu)效去除動物糞便中各種影(yǐng)響下遊實驗(如PCR)的抑制(zhì)因子,并能高(gāo)效地回收糞便中的基因組DNA。動物糞便樣品經特殊緩沖液ASL重懸後,70℃處理(lǐ)5分鍾裂解細菌;離心去除不溶解的雜質,蛋白酶K消化進一步去除蛋白和(hé)雜質;然後基因組DNA在高(gāo)離序鹽狀态下選擇性吸附于離心柱內(nèi)矽基質膜, 再通(tōng)過一系列快速的漂洗-離心的步驟, 抑制(zhì)物去除液和(hé)漂洗液将細胞代謝物、蛋白等雜質去除, 最後低(dī)鹽的洗脫緩沖液将純淨基因組DNA從矽基質膜上(shàng)洗脫。
5/産品特點:
① 離心吸附柱內(nèi)矽基質膜全部采用世界著名公司特制(zhì)吸附膜,柱與柱之間(jiān)吸附量差異極小(xiǎo),可(kě)重複性好。
② 不需要使用有(yǒu)毒的苯酚等試劑,也不需要乙醇沉澱等步驟。
③ 快速,簡捷,單個(gè)樣品操作(zuò)一般可(kě)在40分鍾內(nèi)完成。
④ 多(duō)次柱漂洗确保高(gāo)純度,OD260/OD280典型的比值達1.7~1.9,可(kě)直接用于PCR,Southern-blot和(hé)各種酶切反應。
6/注意事項:
① 所有(yǒu)的離心步驟均在室溫完成,使用轉速可(kě)以達到13,000rpm的傳統台式離心機。
② 開(kāi)始實驗前将需要的水(shuǐ)浴先預熱到70℃備用。
③ 結合液CB 和(hé)抑制(zhì)物去除液IR中含有(yǒu)刺激性化合物,操作(zuò)時(shí)要戴乳膠手套,避免沾染皮膚,眼睛和(hé)衣服。若沾染皮膚、眼睛時(shí),要用大(dà)量清水(shuǐ)或者生(shēng)理(lǐ)鹽水(shuǐ)沖洗。
④ 洗脫液EB不含有(yǒu)螯合劑EDTA, 不影(yǐng)響下遊酶切、連接等反應。也可(kě)以使用水(shuǐ)洗脫, 但(dàn)應該确保pH大(dà)于7.5, pH過低(dī)影(yǐng)響洗脫效率。用水(shuǐ)洗脫DNA應該保存在-20℃。DNA如果需要長期保存,可(kě)以用TE緩沖液洗脫(10mM Tris-HCl, 1mM EDTA,pH 8.0),但(dàn)是EDTA可(kě)能影(yǐng)響下遊酶切反應,使用時(shí)可(kě)以适當稀釋。
⑤ PCR可(kě)能被過量的DNA(一般大(dà)于1μg)抑制(zhì),使用最小(xiǎo)用量的洗脫DNA(适當稀釋)反而可(kě)以得(de)到更好的擴增。一般加入的洗脫DNA體(tǐ)積不要超過總PCR反應體(tǐ)積的10%。我們建議在PCR反應體(tǐ)系中加入終濃度0.1 μg/μl的BSA(牛血清白蛋白)有(yǒu)助于得(de)到最佳擴增效果。
7/操作(zuò)步驟:(實驗前請(qǐng)先閱讀注意事項)
提示:第一次使用前請(qǐng)先在15ml漂洗液WB中加入60ml無水(shuǐ)乙醇,充分混勻,加入後請(qǐng)及時(shí)在方框打鈎标記已加入乙醇,以免多(duō)次加入!
1、收集約200-220mg糞便到一個(gè)2ml離心管,置冰上(shàng)。
如果是冰凍的标本,加入緩沖液ASL前不能解凍,否則DNA容易降解。
2、加1.4ml 緩沖液ASL,連續渦旋振蕩1分鍾或者直到完全混勻均一。注意完全渦旋混勻,否則會(huì)嚴重降低(dī)産量。
3、将重懸物70℃溫育5分鍾。該加熱步驟可(kě)以提高(gāo)3-5倍DNA産量,并且幫助裂解細菌和(hé)寄生(shēng)蟲。對于某些(xiē)難裂解的細胞(如革蘭氏陽性菌)可(kě)以提高(gāo)到95℃。
4、渦旋振蕩15秒(miǎo),室溫放置1分鍾。最高(gāo)速離心1分鍾沉澱糞便顆粒。
5、轉移900μl上(shàng)清到一個(gè)1.5ml離心管,加入100μl雜質清除劑AB,立刻渦旋振蕩1分鍾或者直到完全混勻均一,室溫放置1分鍾。最高(gāo)速離心3分鍾去除雜質。
6、轉移所有(yǒu)上(shàng)清到一個(gè)1.5ml離心管,最高(gāo)速離心3分鍾。
7、轉移210μl上(shàng)清到一個(gè)1.5ml離心管,加入20μl蛋白酶K (20mg/ml)溶液,充分混勻,加入200μl 結合液CB,渦旋振蕩15秒(miǎo),充分混勻。70℃溫育10分鍾。如果産量偏低(dī),可(kě)以轉移更多(duō)的上(shàng)清,并且相應的按比例提高(gāo)蛋白酶K和(hé)結合液的和(hé)後面的異丙醇使用量。
8、冷卻後加入100μl 異丙醇,渦旋混勻。
9、将上(shàng)一步所得(de)溶液和(hé)可(kě)能出現的沉澱都加入一個(gè)吸附柱DA中,(吸附柱DA放入收集管CT中)13,000rpm離心30秒(miǎo),倒掉收集管CT中的廢液。
10、加入500μl抑制(zhì)物去除液IR,12,000rpm 離心30秒(miǎo),棄廢液。
11、加入600μl漂洗液WB(請(qǐng)先檢查是否已加入無水(shuǐ)乙醇!),12,000rpm 離心30秒(miǎo),棄掉廢液。
12、加入600μl漂洗液WB,12,000rpm 離心30秒(miǎo),棄掉廢液。
13、将吸附柱DA放回空(kōng)收集管CT中,13,000rpm離心2分鍾,盡量除去漂洗液, 以免漂洗液中殘留乙醇抑制(zhì)下遊反應。
14、取出吸附柱DA,放入一個(gè)幹淨的離心管中,在吸附膜的中間(jiān)部位加100-150μl洗脫緩沖液EB(洗脫緩沖液可(kě)事先在 65-70℃水(shuǐ)浴中預熱), 室溫放置2分鍾,12,000rpm 離心1分鍾。将得(de)到的溶液重新加入離心吸附柱中,室溫放置2分鍾,12,000rpm離心1分鍾。洗脫體(tǐ)積越大(dà),洗脫效率越高(gāo),如果需要DNA濃度較高(gāo),可(kě)以适當減少(shǎo)洗脫體(tǐ)積, 但(dàn)是最小(xiǎo)體(tǐ)積不應少(shǎo)于50μl,體(tǐ)積過小(xiǎo)降低(dī)DNA洗脫效率,減少(shǎo)DNA産量。
15、DNA可(kě)以存放在2-8℃,如果要長時(shí)間(jiān)存放,可(kě)以放置在-20℃。
8/問題與解決方法:
問題
|
評論與建議
|
洗脫液沒有(yǒu)
DNA或者産量低(dī)
|
*樣品儲存不當
-建議:樣品應該儲存在4℃或者-20℃
*在緩沖液ASL中渦旋勻漿不充分
-建議:樣品在ASL中充分的渦旋直到均一。
*和(hé)結合液CB混勻不充分
-建議:上(shàng)清和(hé)結合液CB立即充分間(jiān)斷渦旋混勻。
*上(shàng)離心柱前忘記加異丙醇
-建議:記住加異丙醇
* DNA洗脫不充分
-建議:洗脫前在室溫放5分鍾
*第一次使用前,漂洗液WB中忘記加無水(shuǐ)乙醇
-建議:在漂洗液WB中加入指定量無水(shuǐ)乙醇。
|
A260/A280
比值異常高(gāo)
|
*殘留RNA過高(gāo)
-建議:洗脫緩沖液加RNase A,室溫10-30分鍾。
|
DNA下遊
反應不正常
|
* BSA沒有(yǒu)加到PCR反應體(tǐ)系
-建議:PCR反應體(tǐ)系中加入終濃度0.1 μg/μl的BSA。
*下遊反應中使用的DNA過量了
-建議:假如DNA使用太多(duō),可(kě)能會(huì)抑制(zhì)PCR反應,因此可(kě)減少(shǎo)洗脫DNA使用量
*非特異性擴增條帶
-建議:洗脫液中目的DNA量太低(dī),背景DNA過高(gāo),可(kě)以考慮使用熱啓動PCR聚合酶
*某些(xiē)目的細胞裂解困難,不充分導緻産量低(dī)
-建議:可(kě)以把裂解液溫育時(shí)間(jiān)提高(gāo)到95℃
*沒有(yǒu)足夠DNA洗脫下來(lái)
-建議:查看上(shàng)面可(kě)能的原因
|
最初的離心步驟
第4步驟後沒有(yǒu)
見到多(duō)少(shǎo)上(shàng)清
|
*離心力不夠
-建議:可(kě)以嘗試14000rpm離心5分鍾
|