1/适用範圍:
适用于快速提取各種細菌基因組DNA。
2/試劑盒組成、儲存、穩定性:
試劑盒組成
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保存
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50次
(DE112-01)
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100次
(DE112-02)
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緩沖液RB
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室溫
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30 ml
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60ml
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結合液CB
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室溫
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11 ml
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20 ml
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抑制(zhì)物去除液IR
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室溫
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25 ml
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50 ml
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漂洗液WB
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室溫
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15 ml 25 ml
第一次使用前按說明(míng)加指定量乙醇
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洗脫緩沖液EB
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室溫
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15 ml
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20 ml
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蛋白酶K粉
20mg/ml
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-20℃
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20mg
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2×20mg
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吸附柱DA
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室溫
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50個(gè)
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100個(gè)
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收集管CT(2ml)
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室溫
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50個(gè)
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100個(gè)
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本試劑盒在室溫儲存12個(gè)月不影(yǐng)響使用效果。
3/儲存事項:
① 結合液CB或者抑制(zhì)物去除液IR低(dī)溫時(shí)可(kě)能出現析出和(hé)沉澱,可(kě)以在37℃水(shuǐ)浴幾分鍾幫助重新溶解,恢複澄清透明(míng)後冷卻到室溫即可(kě)使用。
② 為(wèi)避免降低(dī)活性,方便運輸,提供蛋白酶K為(wèi)凍幹粉狀,收到後,可(kě)短(duǎn)暫離心後,加入1毫升滅菌水(shuǐ)溶解,因為(wèi)反複凍融可(kě)能會(huì)降低(dī)酶活性,因此溶解後立即按照每次使用量(20微升)分裝凍存,-20℃保存。
③ 避免試劑長時(shí)間(jiān)暴露于空(kōng)氣中産生(shēng)揮發、氧化、pH值變化,各溶液使用後應及時(shí)蓋緊蓋子。
4/産品介紹:
獨特的結合液/蛋白酶K迅速裂解細胞和(hé)滅活細胞內(nèi)核酸酶,然後基因組DNA在高(gāo)離序鹽狀态下選擇性吸附于離心柱內(nèi)矽基質膜, 再通(tōng)過一系列快速的漂洗-離心的步驟,抑制(zhì)物去除液和(hé)漂洗液将細胞代謝物,蛋白等雜質去除, 最後低(dī)鹽的洗脫緩沖液将純淨基因組DNA從矽基質膜上(shàng)洗脫。
5/産品特點:
① 離心吸附柱內(nèi)矽基質膜全部采用世界著名公司特制(zhì)吸附膜,柱與柱之間(jiān)吸附量差異極小(xiǎo),可(kě)重複性好。
② 不需要使用有(yǒu)毒的苯酚等試劑,也不需要乙醇沉澱等步驟。
③ 快速,簡捷,單個(gè)樣品操作(zuò)一般可(kě)在30分鍾內(nèi)完成。
④ 多(duō)次柱漂洗确保高(gāo)純度,OD260/OD280典型的比值達1.7~1.9,長度可(kě)達30kb -50kb,可(kě)直接用于PCR,Southern-blot和(hé)各種酶切反應。
6/注意事項
① 所有(yǒu)的離心步驟均在室溫完成,使用轉速可(kě)以達到13,000rpm的傳統台式離心機。
② 開(kāi)始實驗前根據需要将水(shuǐ)浴預熱到37℃或者70℃備用。
③ 需要自備異丙醇。
④ 需自備0.5M EDTA、Triton X-100和(hé)Lysozyme(溶菌酶)(用于革蘭氏陽性菌)。
⑤ 結合液CB 和(hé)抑制(zhì)物去除液IR中含有(yǒu)刺激性化合物,操作(zuò)時(shí)要戴乳膠手套,避免沾染皮膚,眼睛和(hé)衣服。若沾染皮膚、眼睛時(shí),要用大(dà)量清水(shuǐ)或者生(shēng)理(lǐ)鹽水(shuǐ)沖洗。
⑥ 洗脫液EB不含有(yǒu)螯合劑EDTA,不影(yǐng)響下遊酶切、連接等反應。也可(kě)以使用水(shuǐ)洗脫,但(dàn)應該确保批pH大(dà)于7.5, pH過低(dī)影(yǐng)響洗脫效率。用水(shuǐ)洗脫DNA應該保存在-20℃。DNA如果需要長期保存,可(kě)以用TE緩沖液洗脫(10mM Tris-HCl, 1mM EDTA,pH 8.0),但(dàn)是EDTA可(kě)能影(yǐng)響下遊酶切反應,使用時(shí)可(kě)以适當稀釋。
7/操作(zuò)步驟:(實驗前請(qǐng)先閱讀注意事項)
提示:第一次使用前請(qǐng)先在漂洗液WB中加入指定量無水(shuǐ)乙醇,充分混勻,加入後請(qǐng)及時(shí)在方框打鈎标記已加入乙醇,以免多(duō)次加入!
1、取0.5-2毫升培養菌液(最多(duō)不超過2×109個(gè)細胞),10,000rpm,離心30秒(miǎo),盡可(kě)能的吸棄上(shàng)清,收集菌體(tǐ)。
起始處理(lǐ)量可(kě)以根據細菌密度、細胞種類、預期産量進行(xíng)調整,但(dàn)是離心吸附柱最大(dà)吸附能力是20μg基因組DNA,如果菌體(tǐ)過量超過最大(dà)吸附能力,反而會(huì)嚴重降低(dī)産量。
2、加入200μl緩沖液RB重懸,10,000rpm離心30秒(miǎo),棄上(shàng)清。将細胞振蕩或者吹打充分重懸于180μl緩沖液RB中。
注意:對于較難破壁的革蘭氏陽性菌,可(kě)略過第2步驟,加入溶菌酶進行(xíng)破壁處理(lǐ),具體(tǐ)方法為(wèi):加入180 μl緩沖液(20 mM Tris, pH 8.0;2 mM Na2-EDTA;1.2% Triton X-100;臨用前加入終濃度為(wèi)20 mg/ml的溶菌酶(溶菌酶必須用溶菌酶幹粉溶解在緩沖液中進行(xíng)配制(zhì),否則會(huì)導緻溶菌酶無活性)),37 ℃處理(lǐ)30 min以上(shàng)。
3、加入20μl蛋白酶K (20mg/ml)溶液,充分混勻,再加入200μl 結合液CB,立刻渦旋振蕩充分混勻,在70℃放置10分鍾。
可(kě)選做(zuò)步驟: 如果RNA殘留較多(duō),需要去除RNA,可(kě)以在加入200μl 結合液CB 前加4μl RNase A(100mg/ml)溶液,振蕩混勻,室溫放置5-10分鍾。
4、冷卻後加入100μl 異丙醇,立刻渦旋振蕩充分混勻,此時(shí)可(kě)能會(huì)出現絮狀沉澱。
上(shàng)述步驟中立刻渦旋或者吹打充分混勻非常重要,混勻不充分嚴重降低(dī)産量,必要時(shí)如樣品粘稠不易混勻時(shí)可(kě)以渦旋振蕩15秒(miǎo)混勻。
5、将上(shàng)一步混合物(包括可(kě)能有(yǒu)的沉澱)加入一個(gè)吸附柱DA中,(吸附柱DA放入收集管CT中)13,000 rpm離心30-60秒(miǎo),倒掉收集管CT中的廢液。
6、加入500μl抑制(zhì)物去除液IR,12,000 rpm 離心30秒(miǎo),棄廢液。
7、加入600μl漂洗液WB(請(qǐng)先檢查是否已加入無水(shuǐ)乙醇!),12,000 rpm 離心30秒(miǎo),棄掉廢液。
8、加入600μl漂洗液WB,12,000 rpm 離心30秒(miǎo),棄掉廢液。
9、将吸附柱DA放回空(kōng)收集管CT中,13,000 rpm離心2分鍾,盡量除去漂洗液,以免漂洗液中殘留乙醇抑制(zhì)下遊反應。
10、取出吸附柱DA,放入一個(gè)幹淨的離心管中,在吸附膜的中間(jiān)部位加100μl洗脫緩沖液EB(洗脫緩沖液事先在 65-70℃水(shuǐ)浴中預熱效果更好), 室溫放置3-5分鍾,12,000 rpm 離心1分鍾。将得(de)到的溶液重新加入離心吸附柱中,室溫放置2分鍾,12,000 rpm離心1分鍾。
洗脫體(tǐ)積越大(dà),洗脫效率越高(gāo),如果需要DNA濃度較高(gāo),可(kě)以适當減少(shǎo)洗脫體(tǐ)積, 但(dàn)是最小(xiǎo)體(tǐ)積不應少(shǎo)于30μl,體(tǐ)積過小(xiǎo)降低(dī)DNA洗脫效率,減少(shǎo)DNA産量。
11、DNA可(kě)以存放在2-8℃,如果要長時(shí)間(jiān)存放,可(kě)以放置在-20℃。
8/問題與解決方法
問題
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評論與建議
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DNA産量低(dī)
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*蛋白酶K失效了
-建議:收到蛋白酶K後,按照每次使用量分裝凍存,避免反複凍融。
*裂解不完全或者和(hé)異丙醇沒有(yǒu)充分混勻
-建議:加入結合液後,和(hé)加入蛋白酶K後立即吹打或者渦旋混勻;加入異丙醇後立即吹打或者渦旋混勻才加入吸附柱,如果太粘稠必須渦旋振蕩15秒(miǎo)充分混勻。
*有(yǒu)的革蘭氏陽性菌需要特殊的酶裂解
-建議:請(qǐng)詳細參見步驟3,了解提取細菌的特性
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未提取到DNA
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*漂洗液WB中忘記加無水(shuǐ)乙醇
-建議:第一次實驗時(shí),在漂洗液WB中加入指定量無水(shuǐ)乙醇。
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洗脫下來(lái)的
DNA産量低(dī)
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*離心柱殘留有(yǒu)較多(duō)乙醇或者底部不慎沾有(yǒu)乙醇
-建議:确保做(zuò)了步驟9,否則殘留乙醇會(huì)影(yǐng)響洗脫效率。
*使用了水(shuǐ)或者其它非最佳液體(tǐ)代替洗脫緩沖液
-建議:仔細閱讀仔細閱讀注意事項6和(hé)步驟10和(hé)隻使用洗脫緩沖液EB洗脫。
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A260吸光值
異常偏高(gāo)
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*一些(xiē)矽基質膜成分一起洗脫下來(lái),幹擾了吸光值
-建議:将洗脫的基因組DNA溶液13,000rpm再離心一分鍾,小(xiǎo)心取上(shàng)清使用。
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DNA下遊酶切
不能切開(kāi)或者
酶切不完全
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*一些(xiē)矽基質膜成分一起洗脫下來(lái),抑制(zhì)了酶切反應
-建議:将洗脫的基因組DNA溶液13,000rpm再離心一分鍾,小(xiǎo)心取上(shàng)清使用。
*離心柱殘留有(yǒu)較多(duō)乙醇或者底部不慎沾有(yǒu)乙醇抑制(zhì)了酶切反應
-建議:确保做(zuò)了步驟9,然後空(kōng)氣中晾幾分鍾,讓殘留乙醇揮發。
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