1/适用範圍:
适用于快速提取各種細菌基因組DNA。
2/試劑盒組成、儲存、穩定性:
試劑盒組成
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保存
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50次
(DE113-01)
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100次
(DE113-02)
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細胞核裂解液NLS
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室溫
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30 ml
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60 ml
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蛋白沉澱液PPS
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室溫
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10 ml
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20 ml
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DNA溶解液DS
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室溫
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10 ml
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15ml
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RNase A(10mg/ml)
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-20℃
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150μl
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250μl
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本試劑盒在室溫儲存12個(gè)月不影(yǐng)響使用效果。
3/儲存事項:
① 環境溫度低(dī)時(shí)細胞核裂解液NLS中某些(xiē)去污劑成份會(huì)析出出現渾濁或者沉澱,可(kě)在37℃水(shuǐ)浴加熱幾分鍾,輕輕旋搖,即可(kě)恢複澄清,不要劇(jù)烈搖晃,以免形成過量的泡沫。
② 蛋白沉澱液PPS可(kě)能出現析出和(hé)沉澱,可(kě)以在37℃水(shuǐ)浴幾分鍾幫助重新溶解,如果不能完全溶解,也不影(yǐng)響使用效果,直接取用上(shàng)層溶液即可(kě)。
③ 避免試劑長時(shí)間(jiān)暴露于空(kōng)氣中産生(shēng)揮發、氧化、pH值變化,各溶液使用後應及時(shí)蓋緊蓋子。
4/産品介紹:
本試劑盒用于快速的從各種細菌中提取基因組DNA。細菌樣品加入細胞核裂解液NLS(或者通(tōng)過溶菌酶或者其它一些(xiē)酶幫助裂解細胞壁後),首先在強去污劑作(zuò)用下裂解細胞釋放出基因組DNA,接着加入RNase A去除RNA,然後蛋白沉澱液PPS選擇性沉澱去除蛋白,最後純淨的基因組DNA通(tōng)過異丙醇沉澱并重溶解于DNA溶解液。
5/産品特點:
① 不需要使用有(yǒu)毒的苯酚等試劑。
② 快速,簡捷,單個(gè)樣品操作(zuò)一般可(kě)在30分鍾內(nèi)完成。
③ 結果穩定,産量高(gāo),OD260/OD280典型的比值達1.7~1.9,長度可(kě)達50 kb -150kb,可(kě)直接用于構建文庫,PCR,Southern-blot和(hé)各種酶切反應。
6/注意事項
① 所有(yǒu)的離心步驟均在室溫完成,使用轉速可(kě)以達到13,000 rpm的傳統台式離心機。
② 用戶需自備異丙醇、70%乙醇、0.5M EDTA和(hé)Lysozyme(溶菌酶)(用于革蘭氏陽性菌)、lysostaphin(用于某些(xiē)難裂解的革蘭氏陽性菌)、水(shuǐ)浴箱。
③ 開(kāi)始實驗前将需要的水(shuǐ)浴先預熱好備用。
④ 本試劑盒為(wèi)溶液型,可(kě)以很(hěn)容易的按照比例擴大(dà)或者縮小(xiǎo)每次處理(lǐ)的細菌細胞量,請(qǐng)聯系我們索取其它處理(lǐ)量的操作(zuò)手冊。
7/操作(zuò)步驟:(實驗前請(qǐng)先閱讀注意事項)
1、收集1ml過夜培養細菌加入1.5ml離心管。
2、9,000rpm離心30秒(miǎo),使細胞沉澱下來(lái),棄上(shàng)清,渦旋或輕彈打散細胞沉澱。對革蘭氏陽性菌,接步驟3。對革蘭氏陰性菌,直接接步驟6。
3、加入480μl 50mM EDTA完全重懸細胞。
4、加入120μl溶菌酶 (20mg/ml in 10 mM Tris-HCl,pH 8.0),混勻。
對于大(dà)部分的革蘭氏陽性菌如Bacillus subtilis,Micrococcus luteus,Arthrobacter luteus,Nocardia otitidiscaviarum,Rhodococcus rhodochrous和(hé)Brevibacterium albidium,使用溶菌酶就可(kě)以有(yǒu)效裂解。但(dàn)是對于某些(xiē)種類的Staphylococcus,則應該加入60μl溶菌酶(20mg/ml)和(hé)60μl lysostaphin (20mg/ml)确保有(yǒu)效裂解。
5、37℃溫育30-60分鍾。12,000rpm離心2分鍾,棄上(shàng)清,渦旋或輕彈打散細胞沉澱。
6、加入600μl細胞核裂解液NLS至打散的細胞,輕柔吹打裂解細胞。
7、80℃溫育5分鍾裂解細胞,然後冷卻至室溫。
8、加入1.8μl RNase A(10mg/ml)至裂解物中至終濃度30μg/ml。颠倒混勻後37℃溫育15-60分鍾去除殘留RNA。然後室溫冷卻至少(shǎo)5分鍾使回複到室溫。
9、在回複到室溫的裂解物內(nèi)加入200μl蛋白沉澱液PPS後,在渦旋振蕩器(qì)上(shàng)高(gāo)速連續振蕩混勻25秒(miǎo)。混勻後可(kě)能見到一些(xiē)小(xiǎo)的蛋白團塊。冰浴5分鍾。
由于樣品體(tǐ)積重量小(xiǎo),用渦旋振蕩器(qì)振蕩混勻産生(shēng)的剪切力并不會(huì)剪切打斷基因組DNA。如果用手振蕩混勻,則不可(kě)以用手上(shàng)下劇(jù)烈振蕩混勻,隻能适當力度振蕩混勻,否則會(huì)剪斷基因組DNA;但(dàn)是力度也不能小(xiǎo),要保證充分混勻,将粘稠的裂解物打散開(kāi),否則DNA無法和(hé)蛋白質沉澱分離開(kāi),離心的時(shí)候會(huì)和(hé)蛋白質一起沉澱下來(lái),造成DNA丢失或者降低(dī)産量。此外混勻不充分也可(kě)能造成蛋白沉澱不充分, 最後的産物污染有(yǒu)較大(dà)量的蛋白質。因此建議用渦旋振蕩器(qì)。
10、13,000rpm離心5分鍾。這時(shí)候應該可(kě)以見到管底白色的蛋白沉澱,也可(kě)能見到一些(xiē)蛋白沉澱漂浮在液體(tǐ)表面。
11、小(xiǎo)心吸取上(shàng)清到一個(gè)新的1.5ml離心管中。
吸取上(shàng)清時(shí)小(xiǎo)心不要吸到管底的和(hé)漂浮在液體(tǐ)表面的蛋白沉澱,如果不小(xiǎo)心将蛋白沉澱轉入新的離心管中,可(kě)再次離心2分鍾後取上(shàng)清。
12、加入等體(tǐ)積的室溫異丙醇(約600μl),輕柔颠倒30次混勻或者直到出現棉絮狀(絲狀)白色DNA沉澱。
注意有(yǒu)時(shí)候棉絮狀(絲狀)DNA颠倒混勻的時(shí)候,粘附着在蓋子或者管口處,即使颠倒也不跟下來(lái),這樣導緻操作(zuò)者看不到沉澱,誤認為(wèi)沒有(yǒu)得(de)到DNA。解決辦法是略去步驟13,直接12,000rpm離心1分鍾,棄上(shàng)清,然後接步驟15。
13、垂直放置離心管,讓白色DNA沉澱自然沉到管底,然後盡可(kě)能多(duō)的吸棄大(dà)部分的上(shàng)清,注意不要吸到沉澱。
14、加入1ml70%乙醇後,颠倒漂洗DNA沉澱,12,000rpm離心1分鍾,在管底可(kě)以見到白色的DNA沉澱塊,倒棄上(shàng)清。
15、加入0.5ml70%乙醇,颠倒幾次漂洗DNA沉澱,12,000rpm離心1分鍾, 倒去上(shàng)清(注意不要把DNA沉澱倒掉了),倒置後在吸水(shuǐ)紙上(shàng)輕敲幾下以控幹殘留乙醇,還(hái)可(kě)以用槍頭小(xiǎo)心吸掉管底沉澱周圍和(hé)管壁的殘留乙醇,空(kōng)氣晾幹沉澱幾分鍾。
注意不要幹燥過頭,否則DNA極其難溶;也不能殘留太多(duō)乙醇,否則乙醇可(kě)能抑制(zhì)下遊如酶切反應。
16、加入100μlDNA溶解液DS重新水(shuǐ)化溶解DNA沉澱,輕彈管壁混勻,可(kě)以放置在65℃溫育30-60分鍾(不要超過一小(xiǎo)時(shí)),中間(jiān)不時(shí)的輕彈管壁幫助重新水(shuǐ)化DNA。也可(kě)以在室溫或者4℃放置過夜來(lái)重新水(shuǐ)化DNA,中間(jiān)不時(shí)颠倒輕彈幫助溶解。
17、DNA可(kě)以存放在2-8℃,如果要長時(shí)間(jiān)存放,可(kě)以放置在-20℃。
8/問題與解決方法
問題
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評論與建議
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DNA産量低(dī)
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*使用了不恰當的裂解液,造成裂解不完全
-建議:處理(lǐ)材料不要過量。
*有(yǒu)的革蘭氏陽性菌裂解比較困難
-建議:按照步驟4使用lysostaphin幫助裂解。
*加入蛋白沉澱液PPS後沒有(yǒu)充分混勻,DNA和(hé)蛋白質沉澱不能分離開(kāi),離心時(shí)丢失
-建議:參見步驟9保證充分混勻。
* DNA沉澱在洗滌的時(shí)候丢失了
-建議:異丙醇沉澱後用乙醇洗滌的過程中,倒棄上(shàng)清的時(shí)候要格外小(xiǎo)心,不要把DNA沉澱也倒掉了。
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A260/A280>1.9
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* RNA酶處理(lǐ)時(shí)間(jiān)不夠造成RNA污染
-建議:可(kě)以加大(dà)RNA酶用量或者處理(lǐ)時(shí)間(jiān)延長到1小(xiǎo)時(shí)。
* DNA剪切斷了
-建議:嚴格按照操作(zuò)步驟,動作(zuò)不可(kě)以太劇(jù)烈。
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A260/A280 <1.6
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*蛋白質殘留高(gāo)
-建議:保證重複的裂解液用量和(hé)時(shí)間(jiān);看看後面“未見到蛋白沉澱”問題的評論與建議,确保蛋白通(tōng)過沉澱去除。另外請(qǐng)參見步驟11,防止蛋白污染。
*測定吸光值時(shí)用水(shuǐ)稀釋DNA 會(huì)降低(dī)A260/A280
-建議:使用TE緩沖液來(lái)稀釋DNA,保證pH值大(dà)于8.0。
* DNA沒有(yǒu)完全溶解
-建議:可(kě)在65℃溫育幫助重新溶解(不要超過一小(xiǎo)時(shí))然後室溫或者4℃放置過夜,期間(jiān)可(kě)以颠倒輕彈幫助溶解。
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變色的DNA
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*如果異丙醇沉澱後沒有(yǒu)迅速進行(xíng)70%乙醇漂洗的步驟,有(yǒu)的組織如肝髒提取出的DNA可(kě)能會(huì)變色
-建議:異丙醇沉澱離心後,馬上(shàng)進行(xíng)70%乙醇清洗的步驟。
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DNA長度
小(xiǎo)于20kb
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*樣品太舊(jiù)或者不正确的存放,反複凍融等,造成DNA降解
-建議:選用新鮮的樣品。
*操作(zuò)不當,造成對基因組DNA的剪切
-建議:混勻輕柔,不可(kě)以用手劇(jù)烈振蕩離心管,選用大(dà)口徑的槍頭轉移或者混勻DNA。
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未見到蛋白沉澱
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*加入蛋白沉澱液PPS前,裂解混合物沒有(yǒu)冷卻回室溫
-建議:冷卻至室溫或者冰上(shàng)放置5分鍾後再加入蛋白沉澱液PPS。
*蛋白沉澱液PPS沒有(yǒu)和(hé)裂解混合物充分混勻
-建議:應該連續高(gāo)速渦旋振蕩混勻25秒(miǎo),渦旋并不會(huì)剪切斷DNA。
*加入蛋白沉澱液PPS後,混合物沒有(yǒu)在冰上(shàng)放5分鍾
-建議:離心前在冰上(shàng)放置5分鍾幫助沉澱。
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DNA沉澱難以
重新溶解水(shuǐ)化
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*晾幹DNA沉澱時(shí)過度了
-建議:晾幹時(shí)密切觀察,不要幹燥過頭,注意應該觀察管底的DNA沉澱,有(yǒu)時(shí)候管壁上(shàng)的殘留乙醇已經揮發,但(dàn)留下一些(xiē)水(shuǐ)分還(hái)沒有(yǒu)幹,隻要管底DNA幹了就可(kě)以加入DNA 溶解液。可(kě)在65℃溫育幫助重新溶解(不要超過一小(xiǎo)時(shí))然後室溫或者4℃放置過夜,期間(jiān)可(kě)以颠倒輕彈幫助溶解。
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下遊酶切切不開(kāi)
或者PCR反應受抑制(zhì)
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* DNA未幹燥完全,殘留乙醇太多(duō)
-建議:敞開(kāi)離心管口,在65℃溫育幾分鍾,讓乙醇揮發。
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